慈恩基金會緣起
1994年中國華南水災，當年一群來自各階層的人士投入救災工作。目睹內地山區貧困落後，人民生活艱苦，意識到解決貧困，提升生活質素，必須由教育開始。於是在廣西省那坡縣興建了第一所學校。

歷年發展
過去 14 年來，感謝熱心人士及機構團體的支持，先後在廣西、雲南、江西、陜西、山東、貴州、甘肅、廣東、四川各省偏遠地區直接或間接興建了超過1000 所中小學校。這群義工為了更有效地開展工作，於 2000 年決定籌組慈恩基金會有限公司，註冊為慈善團體。(免稅檔案：91/6177)。 並於2011年成為香港社會服務聯會的成員。

早期工作集中在貴州的原因

1996年初次探訪時，發現貴州山區的生活環境特別艱苦，也很少志願團體前往工作。山區的教育設施也很落後，失學兒童眾多，貧困面廣，故本會決定集中資源，為貴州山區孩子改善教育設施，為掃盲而努力。
經過本會多年的努力，並不斷得到本港其他團體支持入貴州工作，部份山區教育設施得以改善，失學兒童可以入學。但是貴州省的地理環境是「八山一水一分田」，偏遠山區的教育仍然非常落後，經本會及與本會合作的其他本港志願團體在貴州援建的學校已超過一千所，但是尚需援建的校舍仍有很多很多，所以本會在其他省份開展工作的同時，仍會繼續在貴州省的工作。

本會除繼續一貫推行的建校、助學和扶貧工作外，近年新開展的項目包括：

• 水利工程 ─ 自2010年至今援建水窖共2,243眼；自2012年至今援建引水工程3 項，受惠人數: 約 1,136人。
• 貴州省六盤水地區支教活動 ─ 在2011-2012年暑假，本會贊助由全國各高等院校貴州藉在校大學生自發組建的團隊，為幾所小學進行為期三周的文化、體育和德育教學和家訪，約400名小學生受惠。
• 資助孤寡老人 ─ 自2012年至今，探訪敬老院10所，資助孤寡老人59人。

簡介一貫及過往進行的工作 :

• 援建山區危校或擴建校舍 ─ 已超過1,197所，並建立工作平台,讓各位有心人參與。
• 援建學校附屬設施，如橋樑、操場、課桌櫈、圍牆、廁所、宿舍、飯堂、澡堂、添置物品等，自2000年至今項目數目 : 193。 
• 興建醫療站/衛生院 ─ 自2007年至今共援建 259 間。
• 貧困大專生助學(包括持續助學) ─ 已援助 4,199 名。
• 貧困師範生助學 ─ 已援助 5,728 名。
• 貧困高中生助學(包括持續助學) ─ 已援助 16,380 名。
• 貧困初中及小學生 ─ 已援助 16729 名，2007年內地實施「2免1補」後停止。
• 向山區缺書的學校送贈圖書 ─ 1,334 間。
• 援助貧困老師 ─ 1,615 名。
• 援助孤兒及特困生 ─ 6,413 名。
• 愛心一旦行動 ─ 2009至2012年累積派發雞蛋數目共1,141,024隻，受惠約11,441人次。
• 衛生健康推展組 ─ 自2009年至2012年受惠學校共27所。
• 童夢遊戲角 ─ 12所學校。
• 2008 年雪災 ─ 受惠人數: 約3600。
• 2008年512 四川地震 ─ 在川北廣元市旺蒼縣重建2所危校(捐款總額HKD398,210，受助學生2500人)，2008年已奠基，已於2010年6月竣工；另-送棉被，受惠群眾約3000人。

未來發展

本會未來的工作目標，通常視乎義工朋友前往內地山區探訪視察之後，傳遞給本會的真實個案及相關訊息而定；例如被當地政府忽略的建校工作、助學工作、醫療工作及扶貧工作等，本會將量力而為去協助達成，務求幫助有需要的人。